三明学院继续教育学院是学校负责各类成人学历教育办学、专业技术人员继续教育、非学历培训、各种证书考试和校内计划外办学的管理机构，是专业技术人员省级和市级继续教育基地。根据职能设置有三个科室：
　　中小学师干培训科。负责举办三明市中小学教师继续教育培训和校长以及其他教育行政干部的培训。
教育培训中心。负责成人学历教育办学的管理工作，负责各种证书考试和各类短期培训工作，承办职业资格培训与考试。教育培训中心设立在三明列东恒基电脑城六楼。
　　综合科。负责继续教育学院公共办公事务的管理工作。