我院的前身是国立高级农业职业学校，创建于1945年。在近70年程中，学校历经7次搬迁，先后在重庆、南通、上海、如皋等地办学。历经国立高级农业职业学校、南通农业专科学校、江苏省南通农业学校等时期。2003年7月经江苏省人民政府批准升格为南通农业职业技术学院。在省、市党委、政府和有关部门的关心和支持下，60多年来，学院始终坚持“立足三农、服务社会”的办学宗旨，艰苦创业，负重奋进，拼搏进取，开拓创新，取得了卓越的办学成就。先后培养了各类人才3多万名，他们中有以昆虫学家、中科院院士印象初、著名水稻专家、中国作物栽培委员会主任、原江苏省副省长凌启鸿、北京大学副校长周尔鎏、美国EXETER生命科学公司高级科学家和植物育种部主任吕忠进为代表的学术精英，更多的成为生产技术、经营管理骨干和自主创业的典型，为国家农业振兴和经济社会发展，特别是为地方经济发展作出了重要贡献。